לקדם את תחום לימודי אפריקה ואת המחקר הרב־תחומי על היבשת באקדמיה הישראלית. המרכז מהווה בית לסטודנטים ולחוקרים, ומעודד חיבור בין ידע תאורטי לעשייה חברתית, פוליטית ותרבותית – בקמפוס, בקהילה וביבשת אפריקה עצמה. במסגרת פעילותו, המרכז מקיים שתי תוכניות לימוד אקדמיות, תואר ראשון ותואר שני בלימודי אפריקה, אשר מציעות קורסים מגוונים בתחומי ההיסטוריה, הפוליטיקה, התרבות, הגאוגרפיה, האמנות, הדתות, הכלכלה והפיתוח של יבשת אפריקה. כמו כן, המרכז מארגן כנסים ואירועים אקדמיים וחברתיים לאורך השנה, במטרה להעמיק את הידע על היבשת ולהעצים את הקשר בין האקדמיה לחברה. המרכז פועל מתוך תפיסה הרואה בהתערבות קהילתית – חברתית, תרבותית או יישומית – מהלך המחייב הבנה עמוקה של ההיסטוריה, הכלכלה, הפוליטיקה והתרבות המקומית. בהתאם לכך, הוא מעודד את הסטודנטים לפתח נקודת מבט רחבה ובת־קיימא, המשלבת חשיבה ביקורתית עם מחויבות לעשייה חברתית וחדשנות. קרן אנאתה תומכת במרכז אפריקה מאז הקמתו בשנת 2009. תרומתה מאפשרת את המשך הפעילות האקדמית והחברתית של המרכז, ובכלל זה קיום כנסים בינלאומיים, מתן מענקי מחקר לסטודנטים ולחוקרים, מימון סיורים לימודיים בישראל ובאפריקה, והוצאת סדרת הספרים "עכשיו אפריקה" בשיתוף הוצאת פרדס. נוסף על כך, תמיכת קרן אנאתה בתוכנית המוסמך לקהילות בנות־קיימא באפריקה מאפשרת את לימודיהם של סטודנטים אפריקאים בישראל – כולל מימון מלא של שכר הלימוד, המגורים והמחיה, ובכך מחזקת את הקשרים האקדמיים והאנושיים בין ישראל לאפריקה.